Jednobrodna gotička crkva s kvadratičnom apsidom presvedena je bačvastim svodom.

U 18. stoljeću proširena je, a njena polukružna luneta s trolisnom rozetom ugrađena je u susjednu zgradu, stan pustinjaka. U prostoru apside ima drveni polikromni oltar koji čini oblogu kamenoj menzi pravokutnog oblika u koji je udubljena petra sacra za čuvanje relikvija.

Oltar je rađen kao arhitektonski oltar s polukružnom atikom tipa triptiha. Centralni dio oltara čine tri polukružne niše u kojima su bile skulpture u punoj plastici, sv. Petar na lijevoj strani, sv. Nikola u sredini i sv. Lovre.

Niše su odvojene polukružnim polustupovima čiji kapiteli nose arhitravnu gredu, a u sredini čine polukružni zabat koji uokviruje centralnu nišu. Na vrhu oltara u polukružnom arhitektonskom okviru nalazi se prikaz dva pauna koja piju vodu iz kantarosa. Kipovi sv. Petra, sv. Nikole i sv. Lovre čuvaju se u zbirci Arheološkog muzeja u Visu.

Na zidu bočno od oltara pod žbukom je otkriven stariji crtež brodova.

Crkva sv. Nikole u Dolu upisana je u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske.